Khirbet Qana est l’un des sites de Galilée que les chercheurs envisagent comme pouvant correspondre à la ville biblique de Cana, où Jésus changea l’eau en vin lors des noces de Cana. Des cartes des Croisades sont citées comme preuves, car elles identifient Khirbet Qana à la Cana biblique. Les écrits de Burchard du Mont Sion établissent également un lien entre Khirbet Qana et Cana. Au Moyen Âge , des textes de pèlerins chrétiens révèlent que Khirbet Qana était associé à la Cana biblique à cette époque, notamment le récit du marchand anglais Saewulf au XIIe siècle.

Investi depuis 1998 par des archéologues, le site comporte un vaste réseau d’églises dans des grottes souterraines sous le village, daté du 3e siècle. Une jarre en pierre a également été trouvée sur une étagère permettant d’en accueillir cinq autres, ce qui concorderait avec le récit de Jean, qui mentionne six jarres que Jésus a ordonné de remplir d’eau avant de la transformer en vin.

Outre la synagogue juive, on trouve des vestiges d'un lieu de culte chrétien sous la forme d'une « grotte de vénération », un ensemble de quatre grottes communicantes. La grotte principale présente des murs et des sols en plâtre, ornés de graffitis et d'inscriptions, dont certaines sont chrétiennes. Elle comporte également des bancs le long des parois et un possible autel sur sa paroi nord, partiellement formé par le couvercle d'un sarcophage orné d'au moins une croix. [ 12 ] Au moins deux vases en pierre étaient scellés dans le plâtre sur le couvercle du sarcophage ; l'un est encore en place , tandis que l'empreinte du second demeure visible dans le plâtre. [ 7 ] La ??datation au carbone 14 effectuée à l'intérieur des grottes associées au culte chrétien a révélé que la grotte principale a été rénovée durant la période des croisades : un banc a été ajouté à l'ouest, le sol a été plâtré et les murs ont été recouverts d'un nouveau plâtre. Cette période, datée par la méthode du carbone 14 entre 1024 et 1217, correspondrait à la dernière phase d'une utilisation importante. L'autel ou la table constitués du couvercle du sarcophage surmonté de deux vases en pierre, ainsi que la datation au carbone 14 qui situe les principales rénovations à l'époque des Croisades, apportent des éléments de preuve suggérant que le complexe de grottes aurait pu servir de reliquaire pour célébrer la transformation de l'eau en vin par Jésus.